Quarenta anos após a Guerra dos Cylon, o maior inimigo da humanidade ressurgiu com o desejo de vingança. Num repentino e devastador ataque nuclear, os robôs Cylons — alguns deles assumindo a forma humana — destruíram milhares de vidas. Apenas os membros das forças Coloniais restaram para reunir os poucos humanos que sobreviveram ao ataque.

O comandante William Adama (Edward James Olmos), um veterano da Guerra dos Cylons e o militar mais poderoso que continua vivo, reativa a Battlestar Galactica para mais uma vez enfrentar novamente seus maiores inimigos.

Continuando dos eventos mostrados na minissérie, e após perderem a batalha contra os Cylons, os últimos humanos sobreviventes fogem em busca de um novo lar, um mítico planeta chamado Terra. Com falta de suprimentos, armas e esperança, o Comandante Adama e a Presidenta Laura Roslin (Mary McDonnell) descobrem que seus problemas são ainda maiores do que a iminente ameaça dos Cylons. Sob seus ombros, resta a última esperança de sobrevivência da humanidade.